Heinonen M, Milliat F, Benadjaoud MA, François A, Buard V, Tarlet G, d’Alché-Buc F, Guipaud O,
РЕЗЮМЕ
Эндотелий сосудов рассматривается как ключевой клеточный отдел для реакции на ионизирующее излучение нормальных тканей и опухолей и в качестве многообещающей цели для улучшения дифференциального эффекта лучевой терапии в будущем. После радиационного облучения глобальный ответ эндотелиальных клеток охватывает широкий спектр модификаций экспрессии генов, miRNA, белка и метаболита. Изменения происходят на транскрипционном, трансляционном и посттрансляционном уровнях и фенотипе фенотипа ударных клеток, а также микроокружении путем продуцирования и секреции растворимых факторов, таких как реактивные виды кислорода, хемокины, цитокины и факторы роста. Эти радиационно-индуцированные динамические модификации молекулярных сетей могут контролировать фенотип эндотелиальных клеток и регулировать набор иммунных клеток, подчеркивая важность четкого понимания механизмов, лежащих в основе этих временных процессов. Широкое разнообразие данных временных рядов обычно используется в исследованиях биоинформатики, включая экспрессию генов, концентрацию белка и данные метаболической информации. Использование кластеризации этих данных по-прежнему остается неясной проблемой. Здесь мы вводим ядра между гауссовскими процессами, моделирующими временные ряды, и затем вводим алгоритм спектральной кластеризации. Мы применяем методы исследования первичных эндотелиальных клеток человека (HUVEC), подвергнутых дозе дозы лучевой терапии (2 Гр). Временные окна дифференциальных выражений 301 генов, участвующих в ключевых клеточных процессах, таких как ангиогенез, воспаление, апоптоз, иммунный ответ и протеинкиназа, определяли через 12 часов до 3 недель после облучения. Затем в соответствии с предложенным методом генерировались 43 временных кластера, соответствующих профилям аналогичных выражений, включая 49 генов из 301 первоначально измеренных. Сорок семь транскрипционных факторов (TF), ответственных за экспрессию кластеров генов, были предсказаны из регулятивных элементов последовательности, используя систему MotifMap. Их временные профили появления были установлены и сгруппированы. Наконец, были изучены динамические сетевые взаимодействия и молекулярные пути ТФ и дифференциальных генов, выявление генов ключевых узлов и предполагаемые важные клеточные процессы, связанные с инфильтрацией тканей иммунными клетками после воздействия дозы дозы лучевой терапии.
Полный текст:
dx.plos.org
www.ncbi.nlm.nih.gov