Chen HX, Liu YS, Zhang XJ
РЕЗЮМЕ
ЗАДАЧА:
Системное отслеживание мишеней микроРНК (miRNA) остается проблемой. В нашей работе мы стремились использовать TargetScore для исследования потенциальных мишеней miRNA203 и miRNA-146a при псориазе путем интеграции информации и информации о сверхэкспрессии miRNA и дальнейшего раскрытия функций miRNA203 и miRNA-146a при псориазе.
МЕТОДЫ:
Это был анализ биоинформатики, контролирующий случай, с использованием уже опубликованных данных о микрочипе псориаза. Мы вычислили целевые уровни, объединив лог-смену изменений и оценки последовательностей, полученные из контекста контекста TargetScan, вероятности сохраненного таргетинга и получили распределение целевых уровней. Выборочное отсечение было выбрано на основе разных целевых распределений для не прошедших проверку и проверенных целей. Потенциальные гены-мишени для miRNA-203 и miRNA-146a были предсказаны на основании целевого порога. Чтобы выявить функции miRNA-203 и miRNA-146a, мы внедрили анализ обогащения путей для мишеней miRNA-203 и miRNA-146a.
РЕЗУЛЬТАТЫ:
TargetScore> 0.4 был выбран в качестве порога для фильтрации менее доверительных целей, поскольку мы наблюдали небольшое перекрытие между распределением 2 у targetScore = 0,4. На основании целевых генов> 0,4, 49 мишеней-мишеней для miRNA-203 и 17 мишеней для miRNA-146a. Результаты обогащения пути показали, что целевые гены miRNA-203 (включая KIR2DL1, HLA-DQA1, KIR3DL1) участвовали только в обработке и представлении антигена. Целевые гены miRNA-146a (охватывающие ADORA3, CYSLTR2, HRH4) были вовлечены только в взаимодействие нейроактивных лиганд-рецепторов.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ:
MiRNA203 и miRNA-146a играли важную роль в прогрессировании псориаза, частично путем регулирования путей обработки и представления антигенов и взаимодействия нейроактивных лиганд-рецепторов, соответственно.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30313058