Lee KY, Leung KS, Tang NL, Wong MH
РЕЗЮМЕ
В этой статье мы стремимся к обнаружению генетических факторов псориаза путем поиска статистически значимых взаимодействий SNP-SNP из двух реальных наборов данных об участии в геноме генома псориаза (phs000019.v1.p1 и phs000982.v1.p1), загруженных из базы данных Генотипы и фенотипы. Чтобы справиться с огромным пространством поиска, наш алгоритм поиска ускоряется с восемью биологическими правдоподобными шаблонами взаимодействия и предварительно вычисленной справочной таблицей. После нашего поиска мы обнаружили несколько SNP, имеющих более сильную связь с псориазом, когда они находятся в сочетании с другим SNP, и эти комбинации могут быть нелинейными взаимодействиями. Среди 20 лучших SNP-SNP-взаимодействий обнаружено в терминах попарного значения p-значения и метрики улучшения, мы обнаружили 27 новых потенциальных SNP, связанных с псориазом, где большинство из них, как сообщается, являются eQTLs ряда известных генов, связанных с псориазом , С другой стороны, мы вывели сеть генов после выбора лучших 10000 SNP-SNP-взаимодействий с точки зрения улучшения метрического значения, и мы обнаружили новое междугородное взаимодействие между XXbac-BPG154L12.4 и RNU6-283P, которое не является длинным расстояние гаплотипа и может быть новым открытием. Наконец, наши эксперименты с синтетическими наборами данных показали, что наша предварительно вычисленная методика справочной таблицы может значительно ускорить процесс поиска.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30315195